11 травня 1944 року Державний комітет оборони СРСР прийняв цілком таємну Постанову № 5859сс «Про кримських татар». В ній наводилися попередні претензії до кримськотатарського населення – начебто масове зрадництво та масовий колабораціонізм, – які стали обґрунтуванням депортації. Насправді жодних доказів «масового дезертирства» кримських татар не існує, а абсолютна більшість колабораціоністів загинула в боях чи була засуджена в індивідуальному порядку.

 Депортація кримськотатарського населення розпочалася о 3 годині ранку 18 травня 1944 року і завершилася, в основному, 20 травня. До операції було залучено 32 тис. співробітників НКВД. Депортованим давалося на збори від кількох хвили до півгодини, дозволялося брати з собою особисті речі, посуд, побутовий інвентар та провізію в розрахунку до 500 кг на родину. В реальності ж вдавалося зібрати в середньому 20-30 кг речей та продуктів, абсолютна більшість майна залишалася і була конфіскована державою. Зафіксовано численні випадки мародерства. Протягом 2 днів кримських татар звозили машинами до залізничних станцій Бахчисарая, Джанкоя та Сімферополя, звідки ешелонами відправляли на схід.

 Під час головної хвилі депортації (18-20 травня) виселено 180 014 осіб, для перевезення яких було використано 67 ешелонів. Крім того, 6 тис. мобілізованих військкоматами протягом квітня-травня кримськотатарських юнаків окремо відправлено на наряди Головного управління формування резервів до Гурьєва (Атирау, Казахстан), Куйбишева та Рибінська, а ще 5 тис. кримських татар заслано на роботи до таборів тресту «Московуголь». Разом вигнано з Криму за перші два дні 191 044 осіб. Окремо 5989 чоловік, звинувачених у співпраці з німцями, та іншого «антирадянського елементу» заарештовано під час депортації. Вони потрапили до ГУЛАГу і в подальшому не враховувалися в загальних зведеннях про вигнанців.

Загальна ж кількість вигнаного з Криму корінного народу склала 200 тисяч осіб. Серед дорослих спецпоселенців знаходилося також 2882 росіян, українців, циган, караїмів та представників інших національностей, яких було виселено через приналежність до змішаних шлюбів.

Останній ешелон з депортованими прибув до Узбекистану 8 червня. За офіційними джерелами в дорозі загинула 191 людина. 

 Відразу після перемоги над нацизмом розпочалася тотальна демобілізація кримських татар з лав Радянської армії. Протягом 1945-1946 рр. в трудові табори Сибіру та Уралу було направлено 8995 військовослужбовців, яким лише через кілька років дозволили возз’єднатися із родинами на засланні. Така сама доля спіткала і відзначених воїнів – навіть двічі Герою Радянського Союзу Амет-Хану Султану не дозволили повернутися до Криму. В усіх спецпоселенців-військових вилучалися військові квитки, їм заборонялося носити зброю. При цьому старші офіцери залишалися на службі, тоді як старші офіцери-політпрацівники та співробітники карних органів відправлялися на спецпоселення.

Постановою радянського уряду від 8 січня 1945 р. «Про правовий статус спецпоселенців» відзначалося, що спецпоселенці користуються усіма правами громадян СРСР, але при цьому вони не мали права самовільно залишати райони спецпоселення, визначені для них, голови родин повинні були щомісяця реєструватися у міліції, а всі зміни у сім’ях повинні були доповідатися міліції у триденний термін.

Депортація мала катастрофічні наслідки для кримських татар в місцях заслання. Протягом року до завершення війни від голоду, хвороб та виснаження загинуло понад 30 тис. кримських татар. Не меншої шкоди зазнало господарство Криму, позбавлене досвідчених працівників.

Після депортації радянський режим вдався до нівелювання історичної пам’яті про кримську державність та кримських татар. 25 червня 1946 року Крим був позбавлений статусу автономії та перетворений на звичайну область РРФСР, а протягом наступних двох років понад 80% оригінальної кримської топоніміки було замінено на стандартні радянські назви.

На підставі указу Президії Верховної Ради СРСР від 28 квітня 1956 р відселені з Криму кримські татари були звільнені із спецпоселень без права повернення в місця, звідки вони були вислані, та без повернення конфіскованого майна. Постанова Ради Міністрів УРСР від 15 грудня 1956 р. про розселення татар, німців, греків, болгар та вірмен, що раніше мешкали на території Кримської області і поверталися з місць поселення, визнавала неприпустимим їх повернення у Крим, а також вважала «недоцільним» розселення їх у Херсонській, Запорізькій, Миколаївській та Одеській областях.

Політичні акції кримських татар (петиційна кампанія, створення політичних організацій, акції протесту, тощо) привели до ще одного політичного успіху. 5 вересня 1967 р. Президія Верховної Ради СРСР видала Указ «Про громадян татарської національності, які проживали в Криму», який скасовував звинувачення в зраді кримських татар, проте проголошував нібито повне укорінення кримських татар в Узбекистані. У січні ж 1974 р. Президія Верховної Ради СРСР відмінила заборону грекам, вірменам, болгарам та кримським татарам повертатися в Крим на колишні місця їх проживання.

У період після Указу 1967 р. державні органи СРСР та УРСР вдалися до іншої тактики проти повернення депортованих народів у Крим. Основним знаряддям її став контроль за поверненням у Крим колишніх депортованих осіб за допомогою інституту прописки (реєстрації). Особам, які намагалися повернутися на законних підставах, органи внутрішніх справ утруднювали або й унеможливлювали придбання житла. Також вони ускладнювали процес прописки або відмовляли в ній. Будь-які прояви протесту, спровоковані цими діями, неухильно переслідувалися судовими органами.

Починаючи із 1968 р. розпочався процес організованої репатріації кримських татар до Криму. В кінці 1960-х – на початку 1970-х рр. цим шляхом повернулися додому понад 200 родин, ще стільки саме прибули самостійно. До початку масового повернення наприкінці 1980-х рр. в Криму проживало приблизно 7 тис. кримських татар.

14 листопада 1989 р. Верховна Рада СРСР  прийняла Декларацію «Про визнання незаконними і злочинними репресивних актів проти народів, підданих примусовому переселенню, і забезпечення їх прав», а 7 березня 1991 року – Постанову «Про скасування законодавчих актів у зв’язку з Декларацією Верховної Ради СРСР від 14 листопада 1989 року «Про визнання незаконними та злочинними репресивних актів проти народів, які зазнали примусового переселення, та забезпечення їхніх прав». Відтак відновлення за рахунок держави майнового та іншого стану репатріантів, яким цей стан був до моменту депортації, набувало необхідної легітимності.

20 березня 2014 р. Верховна Рада України прийняла Постанову № 1140-18 «Про… гарантії прав кримськотатарського народу у складі Української Держави», якою визнала кримських татар корінним народом України та гарантувала їхнє право на самовизначення в складі України.